院长出主意，众人要度暑假必须解一道难题。乱太郎他们在解题中又学到了不少忍者的知识。

《忍者乱太郎》第14集 院长的字画：

　　院长办公室的字画接连被毁坏。乱太郎他们所在的一年三班负起破案的任务。作案者原来是院长自己。

　　阿美的父母听到了“神的御告”，“神”让他们将阿美嫁给一个路过的和尚。一番调查之后，在家发现是院长的朋友，会“变身”的龙王丸捣的鬼，乱太郎他们找来了龙王丸的太太……

《忍者乱太郎》第15集 舞竹城主：

　　在这一集里，乱太郎、山田老师等人帮舞竹城主用计谋夺回了被侵占的舞竹城。

《忍者乱太郎》第16集 第三协荣丸的船：

　　不会游泳的海盗又回来了，这一次他丢失了他新造的船。乱太郎一行找到了偷船贼棉田八方斋的老巢，设计炸毁了他从船上偷的石火炮，夺回了协荣丸的船。

《忍者乱太郎》第17集 新兵卫的烦恼：

　　新兵卫和阿丸为了小事闹上了小矛盾。新兵卫寻找“好朋友护身符”，想恢复和阿丸的友谊。山本老师用“变身术”化身为一个老奶奶，给新兵卫以启迪。他们三人的友谊更加牢固。

　　秋天是考试的季节，乱太郎、阿丸、新兵卫想尽办法考试作弊，土井老师却将考场挪到室外。

《忍者乱太郎》第18集 大家的烦恼：

　　乱太郎一行去三馆城寻找过卫门被夺走的家传宝刀“极乐丸”。他们用“调虎离山”计潜入城中，找到了那把宝刀。却看到三把怪刀引发的一串怪事。

《忍者乱太郎》第19集 珍贵的茶碗：

　　武士新出茂桥郎垂涎老奶奶家用做狗食钵的珍贵茶碗，为得到它，他派忍者放火烧了老奶奶的房子。大家去茂桥郎家夺回宝碗，教训了茂桥郎。茶碗也不慎跌碎……

《忍者乱太郎》第20集 骨肉相逢：

　　忍者齐王丸到学校重新学习基本功，和失散多年的姐姐食堂大娘骨肉重逢。为了成全他们姐弟，山田老师决定辞职。

　　乱太郎他们和三个女生分别去找一千年才长一次的神奇蘑菇，被守护蘑菇的“鬼怪”抓住，要把他们煮了吃。

《忍者乱太郎》第21集 引蛇出洞：

　　乱太郎、阿丸、新兵卫在新学期开始以前要为上学期不及格的科目补考。山田老师教他们“引蛇出洞”术去偷土井老师的考试题。

　　一年三班来了一个新同学喜三太郎。大家以为他是富家子弟，对他大献殷勤。

《忍者乱太郎》第22集 接受新任务：

　　乱太郎三人和二年一班的高才生天才丸和救才丸比武，这一场比武还憋着双方老师的较量。乱太郎、阿丸、新兵卫开始表现不错，最后一招时，却前功尽弃。

《忍者乱太郎》第23集 毒蛇和蝎子：

　　三年班的同学义贺齐丢失了他的宠物淳一和纯子。大家分头寻找这两个毒蛇和蝎子。喜三太郎和新兵卫不认识这两只毒虫，无意中把它们油炸和清蒸，义贺齐悲痛欲绝。

　　乱太郎三人对学业缺乏自信，破罐破摔，土井老师和院长设计要帮助他们恢复自信。

《忍者乱太郎》第24集 宝坛：

　　葡萄牙人卡斯特罗丢失了他的宝坛，乱太郎他们抓住小偷八方田贪心又迷信的特征，装神弄鬼，逼得他将宝坛交还给卡斯特罗。

《忍者乱太郎》第25集 院长的小豆汤：

　　院长得了重感冒，暗暗希望学生们去看望他。可是众人的表现气得院长卷包袱要离开。大家极力挽留，乱太郎三人更是刻苦训练，终于院长留下了。而乱太郎三人却感冒了，并喝掉了食堂大娘给院长熬的小豆汤。

《忍者乱太郎》第26集 危险的行军：

　　月黑风高，山田老师和土井老师带学生们深夜行军到一所废寺。他们智擒了寺里的山贼兄弟，并挖到一批宝物……