《神奇宝贝超世代AG》剧情梗概：　　
 　　马沙拉城的小智，今年刚刚10岁，与母亲相依为命。在马沙拉城，每个人到了10岁都会获得领养小魔怪的执照，并可以从小魔怪专家奥基特博士那里领养一只小魔怪。要成为一流的小魔怪指导员，就必须踏上修行的旅途，接受各种考验。 谁知，在出发的当天，小智就因为睡懒觉耽误了时间，比其他人晚了一步，好不容易从博士那里领来了没人要的皮卡丘，谁知这个小家伙既难照料，又特别固执。 要成功就必须依靠团队的力量和默契，于是，小智与皮卡丘从此开始了艰辛的冒险旅程……

　　以神奇宝贝大师为目标，小智与皮卡丘来到未知的新天地--芳缘地方旅行。然而皮卡丘的状况却不大对劲。为了让发高烧呻吟不止的皮卡丘得到治疗，小智与芳缘地方出名的神奇宝贝博士，小田卷博士取得连络。原来皮卡丘是受到之前火箭队的攻击影响，体内累积大量的电气，再恶化下去搞不好会发生爆炸。于是吸取皮卡丘体内的电气治疗马上展开，但是皮卡丘太过庞大的电气能量却引发机械发生爆炸！意识不清的皮卡丘就这样逃到外面。小智与小田卷博士也马上紧追上去…。差不多这时候，住在芳缘地方的小遥正踩单车往小田卷博士的方向来，打算拿最初的神奇宝贝以踏上神奇宝贝训练家之旅。个性开朗、活蹦乱跳的小遥一知道博士不在研究所，也马上追了出去。到底逃出研究所的皮卡丘是否营安无事？！小智要怎样克服在新天地突然遭逢的危机呢？

《神奇宝贝超世代AG》第2集

　　小智与皮卡丘在芳缘地方展开新的冒险之旅。由于诸多原因，为了与新人神奇宝贝训练家小遥一起登录参加芳缘联盟，正往神奇宝贝中心所在的古辰镇前进。小遥对神奇宝贝的用法依然很生疏，一路上可用手忙脚乱来形容。最后勉强来到神奇宝贝中心的一行人，从在中心研究古辰遗迹的梅兹博士那里听到有关古代神奇宝贝之谜的故事。据说博士最近已解开该谜题。也就在这个夜里，数个男人突然出现把梅兹博士与小智等人掳走。这些神秘男子的目的到底是什么？古辰遗迹到底隐藏着什么秘密？

《神奇宝贝超世代AG》第3集

　　小智等人完成参加登录芳缘联盟的手续，为了挑战在芳缘地区的第一场道馆比赛，意气风发的向橙华市前进。可是小遥一到橙华市，就好像有意避开道馆似的，在街头跑得不见人影，留下小智一人敲橙华道馆的大门。应门的是一位向往神奇宝贝训练家的小男孩。一看到小智就提起小智在城都联盟中战斗上的错误。小智听得很不高兴，放话要对方找道馆训练家，男孩说自己就是道馆训练家…这下子小智在芳缘地方最初的道馆比赛到底会如何发展呢？

《神奇宝贝超世代AG》第4集

　　小遥的弟弟小胜也一起加入小智的旅行。不管怎样，一行人热热闹闹的向附近最近的神奇宝贝道馆所在地卡那兹市前进。森林中小智等人遇到燕子神奇宝贝的傲骨燕，受到争地盘的傲骨燕群袭击。不服输的傲骨燕受到皮卡丘的十万伏特电击，就是死也不肯服气。小智等人被傲骨燕军团包围，陷入大危机。此时跳出来搭救一行人的，竟是在常盘市告别的小刚！脱离危机后，小智等人都很高兴这次的再会，小遥与小胜也很快的与新同伴打成一片。但是那时候，看上傲骨燕的傲气的火箭队，又打算利用傲骨燕来捕捉皮卡丘的作战计划，到底小智他们有办法解决吗？

《神奇宝贝超世代AG》第5集

　　以卡那兹市为目的地而持续旅行的小智等人在森林遇到大得离谱的豆狸神奇宝贝蛇纹熊。其实那是穿着短裤、想接触大自然、套着神奇宝贝布偶想了解神奇宝贝的心情的古怪少年--阿奇变装的姿态。虽然阿奇由于小智等人的关系没有抓到蛇纹熊，不过正打算到橙华道馆挑战的他，得知小遥是道馆训练家的女儿，便趁此机会向小遥提出对战的要求。小遥接受挑战，然而还是初学者的她，自然很快的输掉这场比赛。阿奇因此而说橙华道馆太容易打赢了，而后得意洋洋的跑去抓蛇纹熊。小遥心不甘愿，但也只能在心里抱怨。但是弟弟小胜却吞不下这口气。认为对方可以轻视小遥，就是不可以轻视道馆训练家的父亲。于是独自一个人采取个别行动，到底事情会怎么收场呢？